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A-2 配列解析1

2015年9月30日(水)-10月2日(金)開講

    次世代シークエンサーを用いた研究では、読み取った配列データをどのように解析するかがポイントとなります。このチュートリアル1-2日目では、Windows と共存できる仮想環境(VMware Player)上での Linux OS(Ubuntu)を利用して、主にChIP-seqデータ解析の手順と各ステップの意味を理解することを目的とした講義および実習を行います。

    3日目は、非常に高速な大規模ゲノム配列比較ソフトウェア「LAST」の利用方法を詳しくご紹介します。過去の講習会でご紹介した基本的な使用方法に加え、様々な利用方法をご紹介します。

    実習室





    受付終了
    このチュートリアルの受講申込は満席のため締め切りました。

    開催日時 2015年9月30日(水) 14:00~17:45 (受付開始 13:30)
    2015年10月1日(木) 10:10~17:00 (受付開始 10:00)
    2015年10月2日(金) 10:30~16:00 (受付開始 10:00)
    会場 産総研 臨海副都心センター 別館8階 コラボレーションコーナー
    アクセスおよび周辺ランチマップ
    担当講師 須山 幹太(九州大学 生体防御医学研究所)
    Anish MS Shrestha(東京大学大学院新領域創成科学研究科)
    Martin Frith(産総研 創薬基盤研究部門)
    定員 40名(最少催行人数 2名)
    受講要件 PCの基本操作(キーボード操作等)を行うことができること。
       > キーボードからのテキスト入力、マウスでウィンドウ操作やコピー・ペーストができる
    基礎的な UNIX/Linux コマンドの操作ができること。
       > UNIX/Linux の利用経験が無い方は、A-1 Linux, Perl基礎を合わせて受講ください。
       > UNIX/Linux利用経験が無く、またやむを得ずA-1 Linux, Perl基礎を受講できない方は、講習当日の Linux導入には必ずご参加ください。
    募集期間 2015年6月18日(木)11時~開講日6日前(9月24日(木)午前10時30分)
    お問い合わせ contactページよりお問合せください。
    講義・実習 配列解析1 ChIP-seqデータ解析およびENCODEプロジェクトなどによる既存のデータの活用
    須山 幹太講師

    9月30日(水)
    14:00-15:30 講義
    15:45-17:15 講義, 実習
    17:15-17:45 Linux導入(自由参加)

    10月1日(木)
    10:10-10:30 Linux導入(自由参加)
    10:40-12:00 講義, 実習
    13:00-17:00 実習(最大延長 18:00)

    次世代シークエンサーの応用の一つであるChIP-seq 法は、DNA-タンパク質間の相互作用をゲノムワイドに解析する手法である。転写因子とゲノムDNA の相互作用の解析にとどまらず、現在急速に研究が進んでいるエピゲノム解析においても必須の技術となっている。また、現在、ENCODEをはじめとする大規模プロジェクトの進行に伴い、各自で実験することなく、エピゲノムに関する情報を得ることが可能となっている。このような状況において、それらの情報を有効に活用するスキルを身に付けることは、ますます重要になってきている。

    本セミナーは、次世代シークエンサーのデータ解析の初心者を対象に、主にChIP-seqデータ解析の手順と各ステップの意味を理解することを目的としている。具体的には、シークエンスデータの前処理における重要なポイントからはじめ、解析結果の視覚化による解釈に至るまでの一連の操作について、これまでの経験に即して説明する。ChIP-seqデータ解析の基本は、得られたリード配列をリファレンスゲノムへマッピングすることであり、DNAメチル化解析やエクソーム解析にも応用可能なものである。
    一般に次世代シークエンサーのデータ解析はLinux 上で行われるため、今回の実習では、前年度までの実習よりさらに実践環境を意識して行う。具体的には、Windows PC と共存する仮想環境(VMware Player)に Linux環境を構築し、前処理およびマッピング等のデータ解析から IGV による視覚化までの実践的な解析を体験する。


    配列解析1 LASTによるさまざまな配列解析
    Anish MS Shrestha講師

    10月2日(金)
    10:30-16:00 講義・実習

    配列アラインメントは、配列解析において最も基礎的かつ重要な技術の一つであり、シーケンサー技術の急速な進展により膨大な配列データを容易に生成可能となった現代では、主要な役割を果たしています。
    本講座では、配列アラインメントの基礎を簡単に紹介し、LAST (http://last.cbrc.jp)を用いて、次世代シーケンス(NGS)データ解析を中心とした以下の実習を行います。

    -クォリティー情報を考慮したshort read alignment
    -frameshiftを考慮した、メタゲノムDNA対タンパク質 alignment
    -癌ゲノムなどで頻繁にみられるゲノム再編成を考慮したsplit alignment

    LASTはBLASTに類する汎用配列アラインメントツールであり、NGSデータのような巨大なDNAデータセットの解析のために最適化されています。

    ・開発者による質疑応答(マーティン フリス)
    スケジュールおよび内容は、やむを得ない事情等により変更される場合があることをご了承下さい。

    過去実績

    2014年度 実績(1), (2)

    2013年度 実績

    2012年度 実績