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A-3 配列解析2

2015年10月15日(木)開講

    本講習では、実践的な解析テーマをいくつか設定し、それぞれについてその背景知識、解析目的から丁寧に講義します。
    実習では、操作手順ごとにその目的に合ったツール選択やパラメータ設定、解析結果の見方などを詳しく解説します。
    実習環境は Windows7 上で動作する仮想環境(VMware Player)での Ubuntu を使用し、Linux 上で配列解析を行うことで、ウェブサイトからデータベースをダウンロードして利用する方法やコマンドによるプログラム操作、Perlスクリプトを用いた解析情報の抽出を行います。

    Seq_Logo



    受付終了

    開催日時 2015年10月15日(木)10:30~17:00(受付開始 10:00)
    会場 産総研 臨海副都心センター 別館8階 コラボレーションコーナー
    アクセスおよび周辺ランチマップ
    担当講師 今井 賢一郎(産総研 創薬基盤研究部門)
    定員 40名(最少催行人数 2名)
    受講要件 PCおよびLinux/Unixの基本操作(キーボード操作、コマンド入力等)を行うことができること。
       > キーボードからのテキスト入力、マウスでウィンドウ操作やコピー・ペーストができる
    ※UNIX/Linux の利用経験、プログラミング経験が無い方は、9月18日(金)のA-1 Linux, Perl基礎を合わせて受講ください。
    募集期間 2015年6月18日(木)11時~開講日6日前(10月9日(金)午前10時30分)
    お問い合わせ contactページよりお問合せください。
    講義・実習 配列解析2 配列モチーフ探索
    講義
    ・背景知識概説(今回の実習で用いるミトコンドリアタンパク質に存在するシグナル配列についての簡単な説明)
    ・配列解析の基本的な流れ
          1. 解析対象のデータセットの作成
          2. データセットの解析

    実習
    目的:配列解析手順のイメージを作るため、ある種のミトコンドリアタンパク質に存在する配列モチーフを探索することをテーマとし、一連の解析過程を実習する。また実習を通じてLinux上での配列解析に必要な基本的な技術を学ぶ。
    1. 配列データベースと配列解析ツールのダウンロード
    2. データセットの作成:BLASTを用いた解析対象タンパク質のホモログ検索
    3. データセットの作成:BLASTCLUST、CD-HITによる冗長配列の除去
    4. データ解析:アミノ酸の保存性解析によるシグナル配列の探索(CLUSTALW、Sequence logo、MEME)
    スケジュールおよび内容は、やむを得ない事情等により変更される場合があることをご了承下さい。

    過去実績

    2014年度 実績

    2013年度 実績

    2012年度 実績(1), 実績(2)