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B-2 Rで塩基配列解析:ゲノム解析からトランスクリプトーム解析まで

2016年3月3-4日(木, 金)開講

    R上で利用可能な様々なパッケージを用いて、ゲノム(塩基配列)解析やトランスクリプトーム(RNA-seq)解析を行います。公共データの取得、マッピング、発現変動遺伝子検出など一連のデータ解析について解説します。基本的なところは例年通りですが、最新情報はできるだけ盛り込む予定です。

    p2-5

    このチュートリアルの受講申込はキャンセル待ちを含め、締め切りました。
    受付終了

    開催日時 2016年3月3-4日(木, 金) 10:30~17:00 (受付開始 10:00/終了時間延長の可能性あり)
    会場 産総研 臨海副都心センター 別館8階 コラボレーションコーナー
    アクセスおよび周辺ランチマップ
    担当講師 門田 幸二(東京大学大学院 農学生命科学研究科)
    実習補助:杉原 稔(明治薬科大学 薬学教育研究センター)
    定員 40名(最少催行人数 2名)
    受講要件 PCの基本操作(キーボード操作等)を行うことができること。
       > キーボードからのテキスト入力、マウスでウィンドウ操作やコピー・ペーストができる
    統計解析ツールRの利用経験が無い方は、B-1 R基礎を合わせて受講ください。
    募集期間 2015年12月3日(木)11時~開講日6日前(2016年2月26日(金)午前10時30分)
    お問い合わせ contactページよりお問合せください。
    講義・実習 本人材養成プログラム開始当初「次世代シーケンサー解析入門(2011年度, 2012年度)」の一環として、本講座「Rでトランスクリプトーム解析」を実施し、2013年度からRを用いた講座のうちの1講座「Rでゲノム・トランスクリプトーム解析」として実施してきました。
    2015年度は以下の内容について、講師の「(Rで)塩基配列解析」ウェブページを用いたハンズオン講義を行う予定です。


    ---  Rでゲノム解析  ---
    ・multi-FASTAファイルの各種解析
    ・ゲノム配列を取得
    ・アノテーション周辺
    ---  Rでトランスクリプトーム解析  ---
    ・RNA-seqデータ取得
    ・マッピング、カウント情報取得
    ・クラスタリング
    ・MA-plot、モデル、分布、統計的手法周辺
    ・発現変動解析およびその周辺


    この講座の配布資料は、門田講師のウェブページ「(Rで)塩基配列解析」にて公開されています。
    スケジュールおよび内容は、やむを得ない事情等により変更される場合があることをご了承下さい。

    過去実績

    2014年度 実績

    2013年度 実績

    2012年度 実績

    2011年度 実績