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B-3 多変量データ解析/遺伝子ネットワーク解析

2016年3月10-11日(木、金)開講

    フリーの統計解析ツールRおよびBioconductorを用いて、マイクロアレイデータの多変量解析による遺伝子発現解析を行います。また実習の最後には、統計的解析に基づく遺伝子制御推定として、遺伝子発現プロファイルからのネットワーク推定を講義、ウェブツールを用いて実習します。

    p2-5

    このチュートリアルの受講申込はキャンセル待ちを含め、締め切りました。
    受付終了

    開催日時 2016年3月10-11日(木, 金)10:30~17:00(受付開始 10:00/終了時間延長の可能性あり)
    会場 産総研 臨海副都心センター 別館8階 コラボレーションコーナー
    アクセスおよび周辺ランチマップ
    担当講師 富永 大介(産業技術総合研究所 創薬基盤研究部門)
    *「講義2:統計的解析に基づく遺伝子制御推定」「実習4:SEM-Netを使用した実践的ネットワーク解析」は油谷講師(産総研 創薬基盤研究部門)が担当する予定でしたが、都合により富永講師が担当することとなりました。
    定員 40名(最少催行人数 2名)
    受講要件 PCの基本操作(キーボード操作等)を行うことができること。
       > キーボードからのテキスト入力、マウスでウィンドウ操作やコピー・ペーストができる
    統計解析ツールRの利用経験が無い方は、B-1 R基礎を合わせて受講ください。
    募集期間 2015年12月3日(木)11時~開講日6日前(2016年3月4日(金)午前10時30分)
    お問い合わせ contactページよりお問合せください。
    講義・実習 2016年3月10日(木) 富永 大介 講師
    講義1
    多変量解析とは
          ・統計的背景
          ・多変量解析の種類と特徴

    多変量解析による遺伝子発現解析
          ・DNAマイクロアレイの原理と特徴
          ・解析の目的と一般的なワークフロー
          ・公開されているデータと解析ツール

    実習1:多変量解析とは何か?
    Rとデモデータを使った多変量解析の基礎的実習

    実習2:遺伝子発現の統計的解析
    GNU RとBioconductorを使った多変量解析による遺伝子発現解析実習


    2016年3月11日(金)
    実習3:PCを使ったマイクロアレイ解析実習 富永 大介 講師
    GNU R、Bioconductorを用いたWindows PCによる
    マイクロアレイデータの解析
          ・アノテーションとパスウェイの解析
          ・時系列解析


    講義2:統計的解析に基づく遺伝子制御推定 富永 大介 講師
    多変量解析による遺伝子発現プロファイルからのネットワーク推定解析手法を説明する。
    特に、遺伝子間の関連性推定にとどまらず細胞内因子による遺伝子の発現制御機構を推定可能にし、論文発表等を行ってきた構造方程式モデリング(SEM)手法についてもわかりやすく説明する。
    I. グラフィカル・ガウシアン・モデリング
       1. 相関と偏相関の違い
       2. 条件付き独立とは?
       3. グラフィカル・ガウシアン・モデリングで何がわかるか?

    II. 構造方程式モデリング
       1. 構造方程式モデリングとは?
       2. 因子分析について
       3. 4step procedureによる初期モデル構築
       4. モデルの最適化
       5. 構造方程式モデリングによって何がわかるか?

    実習4:SEM-Netを使用した実践的ネットワーク解析
    未公開(2014年秋頃公開予定)の構造方程式モデリング手法によるネットワーク解析ツールを使用し、遺伝子発現データ解析の時によく行う基本的な統計解析、およびネットワーク解析を行う。
       1. 因子分析のパラメータ設定
       2. 因子抽出
       3. 初期モデル構築
       4. 構造方程式モデリングの実行
       5. モデル最適化
       6. 構築したモデルの評価
    スケジュールおよび内容は、やむを得ない事情等により変更される場合があることをご了承下さい。

    過去実績

    2014年度 実績

    2013年度 実績

    2012年度 実績