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遺伝子ネットワークの推計ソフトウェアSiGN-BNの講習会と実習

2015年7月13日(月)13:30~17:00

次世代シークエンサーやDNAチップなどの計測技術を用いて得られた細胞内遺伝子発現量の多種類のデータ(遺伝子発現データ)から遺伝子間の統計的因果関係を推計するプログラムであるSiGN-BNの講習会と、SCLS計算機システムを用いた実習を開催します。

SING-BN の特徴:
相関関係を統計的因果関係の代替変数にみなすことが安易にされることもありますが、統計学的には相関と因果とは直接の関係はありません。SiGN-BNが採用しているベイジアンネットワーク・モデルは最も厳密に統計的因果関係を推計する方法で、計算結果は遺伝子間の有向グラフとして表示されます。
例えば「遺伝子A→遺伝子B」と表示されると、遺伝子Bは遺伝子Aによる制御を受けていると推測されます。あらかじめ、実験計画の段階から注目する遺伝子Bが存在する場合、遺伝子Bと有向グラフで結ばれる遺伝子群がベイジアンネットワークによって統計的因果関係のある遺伝子群として浮かび上がってきます。また、多くの遺伝子と統計的因果関係を持つ遺伝子はハブ遺伝子と言われ、研究対象である生命現象の鍵遺伝子であると推測されています。
遺伝子発現データは個人の細胞サンプルや遺伝子ノックダウン実験,薬剤投与による時系列データなどを用いることが可能です。時系列データに対しては動的(ダイナミック)ベイジアンネットワークを、ノックダウン実験などの静的なデータに対しては通常のベイジアンネットワークを用いて遺伝子ネットワークを推定します。
http://sign.hgc.jp/signbn/index.html

開催日時 2015年7月13日(月)13:30~17:00(受付開始 13:00)
会場 産総研 臨海副都心センター 別館8階 コラボレーションコーナー
アクセス
担当講師
(敬称略)
土井 淳 (株式会社セルイノベーター)
定員 10名(事前準備を済ませた実習用ノートパソコンを各自持参のこと)
※同じご所属からのお申し込みは参加者数を調整させて頂くことがあります。
参加費 無料
受講要件 受講者には事務局から下記書類を送付いたしますので、公開鍵(テキストファイル)とともにEmailにてご返送ください。
また、当日は実習のためのノートPC(無線LAN必須、最新のウィルスチェッカーがインストールされていること)をご持参ください。
1. 利用アカウント申請書
2. 承諾書(民間企業の方)
3. SSH公開鍵作り方(pdfファイル)
(注)申請にあたっては、下記URLにあるSCLS公募の「応募資格」を満たしていることが条件となります。
http://www.scls.riken.jp/supercomputer/public.html#mokuji4
募集受付期間および申込 2015年5月21日11時~2015年6月26日(金)(先着順)
受付終了
このチュートリアルの受講申込は、満席のため締め切りました。
お問い合わせ 国立研究開発法人理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム
scls-mado[AT]riken.jpまでお問い合わせください。
※[AT]を小文字アットマークにかえて下さい。またメール本文中に氏名および返信先メールアドレスを明記の上、お問い合わせ下さい。
主催 HPCI戦略プログラム分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」
共催 HPCI戦略プログラム分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」
   人材養成プログラム(産総研 創薬基盤研究部門)
公益財団法人都市活力研究所
特定非営利活動法人バイオグリッドセンター関西
後援 国立研究開発法人理化学研究所 情報基盤センター
バイオスーパーコンピューティング研究会