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faq

バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)速習コースについて

Q1-1. 受講/参加したいのですが、既に申込受付を終了していました。キャンセル待ちはできますか?

多くの同様のお問合せをいただいておりますが、残念ながらキャンセル待ち予約の受付は行っておりません。(キャンセルが発生した場合も追加での受け付けは行いません。)
講師の許可が得られた講義については、後日講義ビデオの公開(統合TV)や講義資料のダウンロードが可能となる予定です。ただし、時期については未定です。

Q1-2. 受講申込済みで受講が確定していますが、一部の日程の都合が悪くなってしまいました。受講に際し、支障はあるでしょうか?

事前の欠席のご連絡どうもありがとうございます。参加日までのアンケートについては御協力をお願い致します。

Q2. 次回開催予定はありますか?

未定ですができれば開催したいと思っております。

Q3. 受講費用/参加費用はかかりますか?

受講者としての受講の場合、オブザーバー(TA)としての参加の場合、いずれの場合においても無料です。

Q4. オブザーバー(TA)としての参加を検討しています。参加資格や基準などはありますか?

主に普段指導する立場の方を想定していますが、実習の補助が可能であれば所属や社会人・学生にかかわらず、自己申告にもとづき先着順で受付けます。

Q5. 内容によってオブザーバー(TA)として参加、受講者として受講することは可能ですか。

はい。可能です。
オブザーバー(TA)参加募集は6月2日(月)11時から、受講者として一部を選択しての受講申込は7月1日(火)11時より受付を開始します。
==> 全日程受講希望者により満席となったため、7月1日より予定していた一部選択による受講申込は実施しないこととなりました。オブザーバー参加募集は 7月31日(木)午前10時まで受付けています。

Q6. スケジュール(日時、詳しい講習内容、レベル、担当講師)を教えて下さい。

詳しい内容はこちらを御参照下さい。>> スケジュール

Q7. 「速習以外」のコースに関する開催予定(日程・申込開始日・受講者数等)は決まっていますか?

「速習以外」のコースに関する詳細は未定です。

Q8-1. 参加できない場合や、欠席した日の講義資料をもらうことはできるでしょうか。

提供できる資料については、以下よりダウンロードして頂くことが可能です。
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#bioinfo_ngs_sokushu_2014

講習はビデオ撮影しており、可能な限り公開する予定でおります。準備が整い次第、上記サイトの「統合 TV」からリンクが張られる予定です。(Q8-2. 参照)

また、講習会で使用した実習環境をご自身の計算機上にインストールする手順とソフトウェアにつても同サイトに公開しておりますので、参考にして下さい。

Q8-2. 講義を撮影したビデオが以下で公開されています。

【NGS速習コース】
1. コンピュータリテラシーとサーバー設計~1-1. OS、ハード構成、1-2. ネットワーク基礎
http://togotv.dbcls.jp/20141023.html
1. コンピュータリテラシーとサーバー設計~1-3. UNIX I~UNIXの基礎の理解、Linux導入
http://togotv.dbcls.jp/20141024.html
1. コンピュータリテラシーとサーバー設計~1-3. UNIX I(続)~UNIXの基礎の理解、Linux導入
http://togotv.dbcls.jp/20141025.html
1. コンピュータリテラシーとサーバー設計~1-4. スクリプト言語(シェルスクリプト)
http://togotv.dbcls.jp/20141026.html
1. コンピュータリテラシーとサーバー設計~1-4. スクリプト言語(Perl)
http://togotv.dbcls.jp/20141027.html
2. 配列インフォマティクス~2-1. 配列解析基礎
http://togotv.dbcls.jp/20141028.html
2. 配列インフォマティクス~2-2. バイオ系データベース概論
http://togotv.dbcls.jp/20141029.html
3. データ解析基礎~3-1. R基礎1、3-2. R基礎2、3-3. R各種パッケージ
http://togotv.dbcls.jp/20141030.html
3. データ解析基礎~3-4. R bioconductor I、3-5. R bioconductor II
http://togotv.dbcls.jp/20141031.html
4. 次世代シークエンサ~4-3. 次世代シークエンサ実習I
http://togotv.dbcls.jp/20141101.html
4. 次世代シークエンサ~4-4. 次世代シークエンサ実習II
http://togotv.dbcls.jp/20141102.html
6. 分子生命科学~6-1. 分子生命科学概論、6-2. オミクス概論、6-3. 遺伝/進化概論
http://togotv.dbcls.jp/20141103.html
5. ゲノム関連の倫理・法律~5-1. ゲノム情報倫理概論
http://togotv.dbcls.jp/20141104.html
4. 次世代シークエンサ~4-4. 次世代シークエンサ実習II (Reseq解析)
http://togotv.dbcls.jp/20141105.html
4. 次世代シークエンサ~4-4. 次世代シークエンサ実習II (RNA-seq解析)
http://togotv.dbcls.jp/20141106.html

YouTubeのリストが以下にあり、上記動画を連続再生することができます。
YouTube版では、Google ChromeやSafariでは倍速再生が可能です。
YouTube版 リスト

Q9-1. 実習環境について、Windows PCおよびMacintoshのどちらの方が適当でしょうか。

適当なOSに関してはなんとも言えません。貸与可能PCはWindowsです。講師の多くはmacユーザーだと思います。可能であれば両方もってきておいたほうが無難かもしれません。

Q9-2. Mac OS Xでも大丈夫でしょうか。

OS Xでも大丈夫かどうかは、やってみないとわかりません。

Q9-3. PCのOSは、Windows7 でも Windows8 でも良いのでしょうか? スペック(Q13.)を満たすPCであればOSに制約はありませんか?

OSはよくわかりません。やってみないとわからないというのが正直なところです。
ちなみに門田講師はWindows7でやっています。Windows8でやってみて、不都合があればWindows7の代替ノートPCをお貸しできますので、お気軽にWindows8にチャレンジしてください。

Q10. 実習環境について Linux での持ち込みでも問題ないでしょうか。

問題無いかもしれませんし、実習によっては支障が出ることもあるかも知れません。
Windowsの貸与可能PCは沢山ありますので、不都合なことがありましたらすぐにそれをお貸しすることができます。

Q11. パソコンを持参する予定ですが、バッテリーがもちません。会場で電源は使用可能でしょうか?

電源は足元に這わせる予定です。

Q12. 実習環境には何を準備したらよいのでしょうか?

受講が確定された皆様には、8月初旬を目安に実習環境として用意して頂くソフトウェア等についてお知らせ致します。おおまかなところでは、Linux/Unix仮想環境、R、bioconductor などが必要になります。
8月8日に受講者の皆さまへお送りしたメールでご案内した実習環境準備のために参照いただくウェブページは以下となります。
実習環境準備 参照ページ

* 実習環境の準備に関する質問 *

・自分のPCにVirtualbox、 Biolinux7(ova版)およびRのライブラリを入れているうちに容量がいっぱいになってきてしまいました。

Linux環境に R も入れているために(Linuxの)容量が切迫していることはないでしょうか?

・Biolinux7とRとIGVをインストール後にWindowsPCのハードディスクの空き容量はどれくらい残しておけばいいのでしょうか?

たぶんですが、2GB程度あれば大丈夫だとは思います。

・isoファイルのダウンロードがどのミラーもダウンロード途中で最後まで書き込みが出来ないというエラーが起きてしまいます。

safariの機能により、非常に大きいファイルをダウンロードした場合、ダウンロードファイルがダウンロードフォルダにダウンロードされずにこっそり隠されていて、失敗したかの様に見える仕組みになっていました。

・R のライブラリをインストールする際、biocLite(all_group())とした時に、途中で・・・・・・というのが続いてしまって終了しません。

ChIPXpressDataのインストール時にエラーになっている場合、ChIPXpressDataだけをリストから外してから全部インストールとすることで、回避できます。マニュアルの更新準備中です。

Q13. パソコンを持参する予定ですが、どの程度のスペックが必要でしょうか?

64bit, メモリ 4GB以上, CPU 2コア以上, Core2 duo 以上, HD 50GB以上。

Q14. 推奨されたすべての条件を満たすパソコンが手元にありません。
受講申込時に「貸与を希望する」を選択していた場合、パソコンをお貸し頂くことは確実に可能なのでしょうか。
受講申込時に「持ち込む」を選択していた場合でも、当日急遽パソコンをお貸し頂くことは可能でしょうか。

スペックを多少満たさなくても、なるべくご自身の持ち込みPCでトライされるのがよろしいかと思います。
持ち込みPCに不都合や不具合があった場合は、受講申込時に「PCを持ち込む」を選択していたとしても、速やかにWindows PCをお貸ししますのでご安心ください。

Q15. 受講申込時にPCの貸与を希望したのですが、貸し出しに関してどのようになっているでしょうか?

受講申込時に貸出希望をされているのであれば、貸与するPCは確保されています。
当日貸し出すだけですので、特にソフトウェアのインストール関連で準備の必要はありません。

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