ユーザー名:

パスワード:



パスワード紛失

並列配列相同性検索プログラム「GHOST-MP」講習会

2015年10月30日(金)15:45~17:15

  • 共催
    HPCI人材養成プログラム(産総研 創薬基盤研究部門 HPCI人材養成プログラム))
    HPCI戦略プログラム 分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」

HPCI戦略プログラム 分野1 人材養成プログラムでは、昨年度宮城県仙台市で開かれた生命医薬情報連合大会2014において、初めて出張講習会を行いました。今年度は京都大学 化学研究所(京都府宇治市)で開催される生命医薬情報連合大会2015において、出張講習会を開催致します。詳細は下記講習内容欄をご覧ください。

本講習会の「GHOST-MP」実習は、SCLS計算機システム利用のため事前登録が必要ですが、 その出力結果を利用したウェブサイトによる解析は、どなたでもご参加頂けます。
また聴講のみも歓迎致します。

なお、この講習は直前に開催される HPCI Workshop(生命医薬情報連合大会2015 スポンサーセッション 10月30日(金)13:30~15:30)「生命科学におけるインフォマティクスと物理化学の融合 -バイオインフォマティクスを広い視点から鳥瞰する-」と連動しております。本講習とあわせ、ぜひスポンサーセッションにもご参加くださいますようご案内申し上げます。

開催日時 2015年10月30日(金)15:45~17:15
会場 京都大学 宇治キャンパス 化学研究所 農学研究科会議室M-105
アクセス周辺地図構内地図
担当講師
(敬称略,
五十音順,予定)
秋山 泰(東京工業大学)
石田 貴士(東京工業大学)
角田 将典(東京工業大学)
定員 10名(事前準備を済ませた実習用ノートパソコンを各自持参のこと)
※定員を超えるお申し込みがあった場合、選抜を行います。
※同じご所属からのお申し込みは参加者数を調整させて頂くことがあります。
※この講習のキャンセル待ち申し込みはありません。
※講習当日の欠員補充のためのSCLS計算機システムのアカウントの発行はありません。
受講料 無料
※参加には生命医薬情報学連合大会2015への参加登録(有料)が必要です
受講要件 ・生命医薬情報学連合大会2015への参加登録(有料)が必要であることを了承すること。
・講習会当日までに生命医薬情報学連合大会2015参加登録が完了している方。(早期登録(9/30まで)されている場合でも、大会参加費のお支払いが10/1以降となる場合は当日料金となりますのでご注意ください。)
・同一研究室等からのお申し込みは受講者数を調整することがあることを了承すること。
・当日講義開始時刻までに会場に行かなかった場合は、聴講の方に席を譲ることを了承すること。

SCLS利用のための以下1.~3.について了承すること。
1. SCLS公募の「応募資格」(http://www.scls.riken.jp/supercomputer/public.html#mokuji4)を満たしていること。
2. 事前に必要書類(1. SCLS利用アカウント申請書、2. 承諾書(民間企業の方)、3. SSH公開鍵(作成法をお送りします))をご提出いただきます。(受講確定のご案内後、10/9提出締切
3. 講習当日は実習のためのノート PC(SCLS計算機システムへ接続確認済みノートPC、無線LAN必須、最新のウイルスチェッカーがインストールされていること)をご持参ください。

・アンケートに協力し、後日アンケート結果を公表することに同意できる方。
・スタッフの指示に従って頂ける方。
募集受付期間および申込 2015年9月1日(火)12時~2015年9月30日(水)
2015年10月13日(火)15時45分(※受付期間を延長しました) 受付終了
このチュートリアルの受講申込は、締め切りました。
講習内容 次世代シークエンサーが普及し、誰でも短時間で大量の配列データが得られるようになった昨今、データ解析におけるスピードもまた研究における重要なポイントとなっています。
「GHOST-MP」は、配列相同性検索を高速に行うGHOSTXアルゴリズムを分散メモリシステム向けに並列化したソフトウェアです。次世代シークエンサー等で得られた大量の短い塩基配列またはアミノ酸配列を入力として、アミノ酸配列データベースに対する相同性検索を短時間で実行でき、特に大量の配列データを扱うメタゲノム解析などの用途に適します。

本講習会では、GHOST-MPのしくみと利用方法を説明し、メタゲノムデータ解析を例に、スパコン「京」と互換性が高い理化学研究所の SCLS計算機システムを用いたGHOST-MP実習や、ウェブサイトを利用したその結果のさらなる解析方法などを実習します。
お問い合わせ contactページよりお願いいたします。
主催 HPCI戦略プログラム分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」
   人材養成プログラム(産総研 創薬基盤研究部門)
共催 HPCI戦略プログラム分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」